Diaboromon, le Digimon que Taichi et Yamato ont vaincu autrefois, est de retour. Une multitudes de Digi-Oeufs apparaît, et de ces œufs sortent des Kuramon qui se répandent sur la toile, puis dans le monde réel. Les deux générations d'Enfants Élus se réunissent alors pour affronter cet ennemi d'autrefois.