Dix ans se sont écoulés depuis l'été où Taichi a rencontré Agumon et les autres Digimon, et où ils ont vécu d’incroyables aventures dans le monde digital. Taichi est à présent étudiant, tandis que Yamato et ses compagnons sont entrés dans la vie active.
Plusieurs incidents inexplicables se produisent un peu partout et des enfants élus du monde entier perdent connaissance.
Menoa et son assistant Imura - deux universitaires dont le domaine de recherche sont les Digimon – sollicitent Taichi et ses amis pour tenter d’élucider ces mystérieux phénomènes. Ils leur expliquent qu’Eosmon, un Digimon inconnu, serait à l’origine de tous ces incidents.
Ensemble, ils décident d’unir leur force pour l’affronter dans une terrible bataille. Mais l’issue du combat révèle une vérité bien difficile à admettre : lorsqu’un enfant élu devient adulte, son partenaire Digimon disparaît…