Taichi et les autres ont repris le cours de leur vie et n'ont plus que très peu de contact avec le Digiworld, jusqu'au jour où Izumi découvre un étrange digimon sur Internet. Il s'agit de Diabboromon. Ce digimon de type virus entreprend rapidement de détruire un grand nombre de données numériques, plongeant peu à peu le monde dans le chaos. Les Digisauveurs décident alors d'intervenir, mais l'équipe est loin d'être au complet.

Ce film se passe environ un an après les évènements de la première saison : Digimon Adventure.