Un jour, un Digitama géant apparaît soudainement dans le ciel au-dessus de la Tour de Tokyo, délivrant un message au monde entier. « Que chaque personne dans le monde ait des amis. Qu’ils aient chacun un Digimon ! » Sous les yeux de tous, un jeune homme nommé Lui Ohwada apparaît devant Daisuke et ses amis avec un DIGIVICE fissuré. Derrière la naissance des « enfants élus » se cache le souhait unique de Lui…Lorsque le passé et le présent se rejoignent, la plus grande crise de l’histoire des Digimon est déclenchée! Quelle voie Daisuke et l’équipe « 02 » choisiront-ils ? Une fois de plus, les Enfants Élus se mobilisent, cette fois-ci en tant qu’adultes !

L’histoire se déroule peu de temps après les évènements du film Last Evolution Kizuna, et se centre sur Daisuke Motomiya et ses amis, tous âgés d’environ 20 ans.