En colonie de vacances, Taichi, Yamato, Sora, Izumi, Mimi, Jô et Takeru assistent à un phénomène étrange : une aurore boréale qui se dessine dans le ciel en plein été. Interpelés par ce phénomène climatique étrange, ils reçoivent d'étranges appareils avant d'être propulsés dans un monde parallèle où vivent des créatures du nom de Digimon. Si chaque enfant se fait immédiatement un compagnon digimon, la petite bande va également rencontrer des créatures hostiles. Tous ensemble, ils vont apprendre à lutter contre les menaces qui planent sur le monde digital, mais aussi sur le monde des humains.