Un espion vole des dossiers secrets provenant de divers services de renseignements comme le MI6, la BND ou la CIA à la police japonaise. Durant sa fuite, il subit un accident de voiture provoqué par un tir de carabine de Shuichi Akai. Le lendemain, Conan et ses amis trouvent une jolie jeune femme blessée et seule à l'aquarium de Tohto. Ces derniers décident alors de l'aider à retrouver la mémoire.