Dix ans après une gigantesque catastrophe appelée Red Hole, Ganta, un jeune étudiant, vit une vie sans histoire, jusqu'à ce qu'un drame terrible survienne dans sa vie. Un matin, toute sa classe est massacrée par un tueur masqué aux pouvoirs effrayants: un mystérieux homme en rouge. Seul survivant, Ganta est soupçonné d'avoir tué ses camarades.