Makoto, suspecté de trahison pour avoir aidé les membres de la classe 77 sous l'influence de Junko contre l'avis de la Future Foundation, est convoqué au siège pour être puni. Au cours de la réunion à laquelle assistent la plupart des dirigeants ainsi que Kyoko Kirigiri, Aoi Asahina et Yasuhiro Hagakure, Monokuma apparaît et provoque une nouvelle tuerie. Alors que les différents participants essaient de survivre, différentes visions contradictoires de l'espoir apparaissent.