En 2055, 4 ans après les évènements de Danball Senki W, Arata est un nouvel étudiant transféré à Kamui Daimon. Connue pour être l'institution la plus prestigieuse dans le monde pour former les joueurs de LBX et de la mécanique, l'académie est très sélective. Pour y entrer, il est nécessaire d'être le champion d'au moins 3 tournois officiels. Avec d'autres membres de son peloton, Arata fait face à des rivaux et se plonge dans les secrets qui se cachent au sein de l'académie.