Shinnosuke Nohara et sa famille partent en croisière, l'occasion rêvée pour tous de se détendre et s'amuser à foison. Pour Shin-chan, c'est le paradis : tous ses amis sont présents et le bateau sur lequel ils séjournent dispose de mille et une activités... Mais un matin, les adultes disparaissent mystérieusement : il semblerait qu'ils aient été capturés par une bande de singes.

Pas d'autre choix pour Shin-chan et ses amis : il va falloir partir à la recherche de leurs parents !