Lors d'une sortie scolaire, un vaisseau spatial attaqua le bateau sur lequel les enfants se trouvaient. Malheureusement, contrairement au reste de la classe, Shin-chan et ses amis n'eurent pas le temps de s'échapper.

Dévastés par la disparition de leur fils, les parents de Shin-chan reçoivent la visite d'un homme qui dit savoir où se trouvent les 5 enfants disparus sans donner plus de précision. Hiroshi et Misae vont devoir mener leur propre enquête, qui les conduit à Hong Kong !