Contrairement à la série originale de Crayon Shin-chan, qui semble se situer dans les années 1990, celle-ci se déroule 100 ans plus tard, dans un futur ou Shinnosuke et sa famille se réveillent après une longue période de cryogénisation. À bord d'un vaisseau spatial visiblement à la dérive, les Nohara vont devoir co-habiter comme à l'accoutumée et s'habituer aux nouvelles technologies de leur quotidien.