Tout commence, en 2071, dans le cratère d'Alba City sur Mars par l'explosion d'un camion-citerne. En plus de faire plusieurs victimes lors de la déflagration, une maladie inconnue commence à décimer la population. Les autorités n'ont plus aucun doute, c'est une attaque biologique terroriste, et lancent une prime pour retrouver les coupables. L'équipe du vaisseau Bebop saisit l'occasion pour renflouer leurs finances. Mais les indices sont épars et les rassembler n'est pas évident pour percer le secret de cette maladie...