A la fin du XXX^e siècle, l’humanité, qui a perdu la grande guerre spatiale, est sous le joug des humanoïdes. Le capitaine Albator a fui la Terre à la tête de son équipage pour mener sa propre croisade contre cette domination. Le Gouvernement Galactique mandate alors Warius ZERO, alias le " Cosmowarrior ", commandant de la flotte terrienne, pour le traquer et l’éliminer. S’engage alors une course-poursuite mortelle entre les deux hommes...