Ryô Saeba, aussi connu sous le nom de « City Hunter », et son associée, Kaori Makimura, sont contactés par une jeune vedette de la scène qui souhaite retrouver son frère, depuis longtemps disparu. Pendant ce temps, la police japonaise est sur les traces d'un dangereux mercenaire impliqué dans de nombreux crimes, allant du vol au meurtre. Cet homme mystérieux, ancien légionnaire, porte le surnom de « Professeur ». Il est arrivé au Japon dans un but inconnu, et se trouvera rapidement sur le chemin de City Hunter…