Durant la puberté, certains enfants développent des pouvoirs spéciaux. Yuu Otosaka, à la capacité de contrôler entièrement le corps d'une personne, mais seulement durant cinq secondes. Utilisant ce talent depuis des années pour atteindre ses objectifs, le jeune homme a ainsi pu entrer dans un lycée prestigieux. Un jour, il est pourtant pris la main dans le sac par l'énigmatique, Nao Tomori. Ne pouvant plus reculer, lui et sa sœur Ayumi sont transférés à l'Académie Hoshi-no-umi, un établissement pour des étudiants aux capacités surnaturelles.