En 2009, un tremblement de terre de magnitude 7.8 a ravagé le quartier de Shibuya, à Tokyo, causant la mort de milliers de personnes sans compter les très nombreux blessés. Ce jour-là, un étrange feu noir s’est également propagé, causant des scènes de panique. Six ans plus tard, la ville est en reconstruction, mais des morts inexpliquées surviennent à l’approche de ce triste anniversaire…

Chaos;Child Silent Sky est un épisode spécial qui conclu les évènements de l'anime.