Environ 6 mois après la fin du Vanguard VF Circuit, Aichi Sendou est transféré à la Miyoji Academy.

 Il y rencontre Naoki Ishida et Shingo Komoi, ses nouveaux camarades de classe, retrouve Misaki Tokura, sa partenaire dans la Team Q4 et apprend l'arrivée de Kourin Tatsunagi.

Se voyant obligé de s'inscrire à l'un des clubs de l'établissement, et ne sachant que faire, il se décide à monter un club de Cardfight!! Vanguard... cependant, le Conseil des Etudiants considère ce club aura une mauvaise influence dans l'école et s'oppose à son existence...