Chrono, Shion et Tokoha décident de participer à la "G Quest", un gros tournoi organisé par l'Association Internationale de Vanguard. Pour le remporter, il leur faudra réussir toutes les quêtes des six branches et affronter des Cardfighters de renom. En cas de victoire ils obtiendront le titre de "Generation Master" et pourront même devenir des Clan Leader. Mais d'étranges évènements semblent se préparer en coulisses.