C’est le mois d’avril, les cerisiers sont en fleur et Sakura entame son année de cinquième. Elle y retrouve son ami Shaolan qui était retourné un temps à Hong Kong. Mais leur quotidien paisible est rapidement bouleversé par une activité anormale des cartes de Clow. De mystérieux évènements s’enchaînent dans la ville de Tomoeda. Sakura est alors guidée par la « clé » rencontrée en rêve. La collecte des cartes reprend de plus belle ! C’est alors qu’une nouvelle élève fait son apparition…