Après des années de séparation, Kôtarô Takamiya, un prodige de la robotique, s’apprête à retrouver son petit frère Teppei. Mais la conférence tourne au drame lorsqu’un groupuscule de l’Empire Mécanique, une organisation totalitaire, kidnappe le scientifique pour accomplir leurs sinistres projets. Impuissant face à l’enlèvement de Kôtarô, Teppei fait alors une rencontre sur le point de bousculer son existence : celle de X, un B’t porté disparu, qui pourrait bien s’avérer une arme majeure pour contrer ses ennemis…