Depuis que la Terre est affectée par de nombreuses catastrophes climatiques, l'humanitée est contrainte de vivre au milieu du chaos et de la destruction. Ces désastres seraient dû à l'Orphan, un vaisseau spatial gisant dans les profondeurs de l'océan pacifique.

Kensaku et Midori Isami, deux scientifiques, tentent de conduire le vaisseau à la surface afin d'explorer la galaxie. A leurs côtés, les Reclaimer, des pilotes aguerris de l'armée Grand Cher cherchent les disques vitaux de l'Orphan, dispersés sur toute la planète.

Un jour, la jeune Hime Utsumiya découvre l'un de ces disques. Alors qu'elle rejoint un groupe d'opposants à Orphan, elle rencontre Novis Noah, un pilote déserteur.