Au fil des ans, le Japon a peu à peu délaissé ses traditions au profit de la modernité, provoquant ainsi l'éveil de créatures scellés depuis des années : les Aragamis. Momiji Fujimiya, héritière d'une lignée protégeant les humains de ces créatures légendaires, est un jour attaquée. Sauvée par  Mamoru Kusanagi, un être de sang mêlé, elle trouve en lui son meilleur allié.