Vers la fin de l’ère Edo, un démon connu sous le nom de Roi Impur tua des milliers de personnes. Après avoir vaincu le démon, les Chevaliers de la Croix-Vraie mirent son œil gauche en sécurité dans l’Académie. Mais celui-ci a été volé ! En apprenant que le voleur retient un enfant en otage, Yukio et Rin décident de s’en mêler. L’enquête va alors mener Rin et ses amis à Kyoto et les faire plonger dans une histoire encore plus sinistre. Cependant, est-ce que le fait de savoir que Rin est le fils de Satan va semer la discorde dans le groupe ?