1995 : Les 800 habitants de l'île Kamikakushi ont disparu. Tous, sauf une fille, Wakatake Mari, qui a perdu la mémoire juste après l'incident. Ce mystérieux cas n'a jamais été résolu.

Cinq ans plus tard, sa grand-mère l'envoie dans une école exclusivement féminine où elle y rencontre Hagino, qui tente de l'étrangler. Le soir même, elle suit la jeune fille et découvre un immense vaisseau spatial...

Ce vaisseau, Hagino, l'incident de l'île Kamikakushi... elle découvrira bien tôt que tout cela est lié.