Black Jack, chirurgien sans diplôme qui opère dans la clandestinité et qui demande des sommes astronomiques pour ses interventions, est un personnage ténébreux et hors-la-loi. Il passe sa vie à sauver celle des autres. En revanche, la société médicale refuse de l'admettre comme médecin. Ils nient même son existence. Black jack pratique tranquillement dans sa petite clinique avec son assistante Pinoko, qu'il a volontairement sauvée auparavant. Des patients, diagnostiqués avec des maladies rares, lui rendent visite avec l'espoir d'être enfin soignés, quelques soient les circonstances morales.