L'histoire commence dans une ville en ruine, peu après la destruction de la planète, suite au terrible réveil d'une mystérieuse divinité. Mais sa résurrection ne peut être totale, tant que celui qu'on appelle « Dieu » n'a pas absorbé le « sang de Maria ». Au cœur de ce chaos, vit un mystérieux personnage, Shinichi, mi-homme mi-bête, dont le destin va se voir lié à une jeune fille qui n'est autre que la réincarnation de Maria ! Shinichi va alors entrer en guerre contre les généraux de Dieu pour sauver la jeune fille du terrible sort qui lui est réservé...