An 2207 de notre ère. Deux ans se sont écoulés depuis l’événement qui a mené à la disparition de la planète Gamilas et de l’étoile Iscandar.

Un mystérieux objet colossal nommé « Grand Reverse » est soudainement apparu dans le système solaire. Malgré les nombreux efforts des forces de défense terrestre, ce dernier traverse aisément les multiples réseaux de protection.

Fatalement, la capitale se retrouve submergée en un éclair. Tandis que la Terre semble incapable de repousser cette nouvelle menace, un ordre secret est envoyé à l’ancien équipage du Yamato : "Rassemblez-vous au plus vite !".

Alors que le destin de l’humanité est une nouvelle fois en jeu, le cuirassé spatial Yamato entame un nouveau voyage pour découvrir l’identité des assaillants et sauver l'humanité.