Pendant l'ère d'Edo, le shogun Tokugawa Ieyasu après avoir consulté le prètre Nankôbô Tenkaï décide que celui de ses deux fils qui lui succèdera, sera désigné par l'issue de la confrontation de deux clans ninja légendaires: les Kôga et les Iga. Ces deux clans ennemis depuis 400 ans entretiennent un pacte de non-agression depuis quelques générations décrété par l'ancêtre de Hattori Hanzo. Ce dernier autorise les deux clans à reprendre le conflit qui les oppose sous la pression du shogun: chacun des clans devra désigner 10 maîtres...