L'histoire suit Yukito Yanagi, un orphelin qui rencontre un jour un excentrique disciple de son père. Cet homme étrange l'emmène sur son lieu de naissance, Ayakajima, composé de sept îles où résideraient des êtres mystérieux appelés “Mitama” et des dragons. Yukito y rencontre deux autres disciples de son père. Ils protègent l'harmonie d'Ayakajima qui menace bientôt de s'effondrer.

L’anime AYAKA est un projet original créé par le collectif de créateurs GoRA (à l’origine de la série « K« ) et la maison de disque KING RECORDS.