Dans un monde de science, le professeur Tenma est profondément meurtri par la mort de son fils Tobio. Ne supportant pas sa disparition, il a l'idée de créer un robot à l'image de son enfant, en le rendant suffisament puissant pour qu'il puisse résister à n'importe quel accident. Alors que le petit robot semble être une réussite, son concepteur est profondément déçu. Capable de voler, doté d'une force herculéenne mais aussi d'une grande sagesse, la création est jugée trop... parfaite.

Plus tard, le Professeur Ochanomizu, qui a remplacé Tenma à la tête du Ministère des sciences, réanime le petit robot et l'apelle Atom.