« Félicitations pour votre diplôme. » En 365 jours M.Koro et les étudiants de troisième année de la classe 3-E ont créé un lien unique… Ce film comprend des scènes originales, et toutes nouvelles ! Koro Sensei est un être tout-puissant et mystérieux qui devient enseignant de la classe 3-E de l'école secondaire de Kunugigaoka après avoir détruit la Lune et promis de faire exploser la Terre au mois de mars suivant. Afin d'empêcher ce désastre, ces élèves deviennent des assassins, avec leur enseignant comme cible. Unis par ce lien étrange, ils ont un an, jusqu'à l'obtention de leur diplôme, pour compléter leur mission. Le passé et les secrets de M. Koro seront enfin révélés.