Au début du 21ème siècle, la montée des eaux repousse l'humanité à l'intérieur des terres. Alors que l'homme aurait pu se déployer sur les mers plus vastes que jamais, une mystérieuse flotte, la flotte de la Brume, fait son apparition et empêche quiconque de s'aventurer sur l'océan. Très vite, la Brume empêche les continents de communiquer entre eux en détruisant tous les moyens de communication. Les armes humaines sont inefficaces contre cette menace. La seule chance de l'humanité est un navire de la flotte de la Brume passé du côté des humains, l'I-­401, et son commandant, le jeune Gunzô Chihaya.