Début du XXIVème siècle : la conquête de l'espace s'est poursuivie et l'homme a colonisé de nouvelles planètes. La Terre, berceau de l'humanité, est à présent appelée ManHome. Mars, qui était jadis une planète désertique, a été terraformée et est devenue un monde recouvert par les eaux dénommé Aqua.
Sur les rivages des océans martiens nouvellement formés a été bâtie la ville de Neo-Venezia, réplique exacte de la cité de Venise des anciens temps, à présent disparue. Cette ville où la technologie est peu présente et dans laquelle les gens prennent le temps de vivre est devenue une attraction touristique. Des gondolières, appelées Ondines, se chargent de guider les visiteurs parmi les canaux afin de leur la faire découvrir.
Venue sur Aqua afin de devenir elle même une Ondine, la jeune Akari devient une apprentie de la compagnie Aria, une petite société gérée par la belle et populaire Alicia. Akari s'adapte rapidement à sa nouvelle vie, sympathise avec les habitants de la cité et se lie d'amitié avec Aika et Alice, deux autres apprenties gondolières. Entre deux séances d'entraînement avec ses nouvelles amies, Akari part à la découverte des secrets et des merveilles que recèle Neo-Venezia...