Il y a 11 ans, le réchauffement provoca la fonte des glaces de l'Antarctique et la libération des "Fallen Angel", une race humanoïde qui était en sommeil depuis 12 000 ans. L'Humanité, à présent décimée, vit cantonnée dans des villes couvertes par de puissants boucliers. Son dernier remport, l'AQUARION, un robot manœuvré par 3 pilotes.

Apollo, un homme d'apparence ordinaire, est en fait la réincarnation d'un ange déchu nommé Apollonius. Il va devoir se battre avec ses camarades pour empêcher la destruction totale de la Terre.