Douze mille ans après les événements de la Genesis of Aquarion, l'humanité sur la planète Vega est menacée par un nouvel ennemi venu d'Altair.

Alors que leur population féminine a été anéantie par une mystérieuse maladie, ces envahisseurs sont à la recherche des femmes assez fortes pour survivre à la course inter-dimensionnelle du retour vers leur planète.

Afin de protéger son amie, Amata Sora va devoir utiliser son pouvoir dont avait gardé dans le secret toute sa vie.