Another 00 est situé avant le début de la série, quand Misaki Fujioka, la sœur jumelle de Mei Misaki, était encore vivante. Ces deux jumelles n'ont pas le même nom de famille pour une bonne raison : Mei a été adopté par sa tante dès sa naissance et les parents des deux filles ne leur ont jamais dit la vérité. Mei et Misaki mènent alors une relation fraternelle secrète et se rencontrent souvent en cachette. Un jour de printemps, elles se rendent au parc d'attraction où un malheur les attend.