À la fin de City Hunter, Ryô et sa partenaire Kaori commencent une nouvelle vie, tel un heureux couple.

Au même moment, Du haut d'un immeuble, une jeune tueuse à gages de 14 ans dont le nom de code est Glass Heart tente de mettre fin à ses jours, rongée par les remords de tous les meurtres qu'elle a commis. Mais la jeune fille s'empale et ne pourra survivre que grâce à une transplantation cardiaque. Le destin cruel lui octroie celui de Kaori, morte la veille de son mariage en tentant de sauver un enfant. En se réveillant après un coma d'un an, Glass Heart est assaillie par les souvenirs de Kaori et le désir de rencontrer Ryô.