Deux ans après les événements survenus dans la série Galaxy Express 999, la Terre est devenue un champ de bataille. Tetsuro, engagé dans la lutte pour défendre la civilisation humaine reçoit un étrange message de la part de Maetel, lui demandant de monter à bord du Galaxy Express 999. Débute alors un nouveau voyage pour le jeune garçon vers une destination inconnue...