Kamijou Touma et Index rencontrent par hasard Arisa Meigo, une jeune fille de niveau 0 qui vient d'arriver à la Cité Scolaire. Mais les magiciens en ont après elle et attaquent la Cité Scolaire. Shattoaura, chef des unités de combat de la cité, fait venir toutes ses unités pour repousser l'envahisseur. Stiyl Magnus entre dans le combat et ordonne à Touma de tout faire pour protéger la jeune fille car elle est la clé de cette guerre entre la magie et la science.